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このドキュメントの最新版は https://github.com/cmsi/MateriAppsLive/wiki/GettingStarted にて公開されています
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ここでは, AkaiKKR, ALPS, BSA, CONQUEST, DCore, DDMRG, DSQSS, feram, HPhi, LAMMPS, mVMC, OCTA, OpenMX, Quantum ESPRESSO, RESPACK, SALMON, SMASH, TeNeS, xTAPP & TAPIOCAについて簡単に説明します.
実行例(Coの例)
/usr/share/akaikkr/in をコピー
cp -rp /usr/share/akaikkr/in .
out ディレクトリと data ディレクトリを作成
mkdir out data
AkaiKKRを実行
specx < in/co
より詳しい情報は MateriApp LIVE! wiki の「AkaiKKRの情報」をご覧ください.
実行例 (チュートリアル MC-02 古典MC、looper QMCコードによる磁化率の計算)
チュートリアルをコピー
cp -rp /usr/share/alps/tutorials/mc-02-susceptibilities .
cd mc-02-susceptibilities
Pythonスクリプトを順番に実行
python tutorial2a.py
python tutorial2b.py
python tutorial2c.py
python tutorial2d.py
python tutorial2full.py
Pythonスクリプトを実行する毎に結果がプロットされます. プロットウィンドウの右上の×印をクリックしてウィンドウを閉じると, Pythonスクリプトが終了します. 最後のスクリプトを実行すると, それまでの計算結果がまとめてプロットされます.
より詳しい情報は MateriApp LIVE! wiki の「ALPSの情報」をご覧ください.
サンプルの実行
new_bfss /usr/share/bsa/Sample/Ising-square-Binder.dat 1 0.42 1 0.9 1 0.1 > test.op 2>test.log
new_bfss -c /usr/share/bsa/Sample/Ising-square-Binder.dat 1 0.42 1 0.9 1 0.1 > test_mc.op 2>test_mc.log
より詳しい情報は、BSA公式ページをご覧ください.
サンプルの実行
cp -rp /usr/share/conquest/check .
cd check
Conquest
Conquest_outの内容をConquest_out.refと比較
より詳しい情報は、MateriApps CONQUESTページをご覧ください.
サンプルの実行
cp -rp /usr/share/dcore/tutorial/square .
cd square
dcore_pre dmft_square.ini
dcore dmft_square.ini --np 1
dcore_check dmft_square.ini
dcore_post dmft_square.ini --np 1
cd post
gnuplot -persistent square_akw.gp
より詳しい情報は、MateriApps DCoreページをご覧ください.
サンプルの実行
cp -rp /usr/share/ddmrg/example .
cd example
DDMRG
より詳しい情報は、DDMRG公式ページをご覧ください.
単純なサンプルとして、S=1/2 反強磁性ハイゼンベルグダイマーの計算をおこないます。
(局所)ハミルトニアンを設定
格子が周期境界条件になり、ダイマーだとボンドが2本になるので、Jを半分にしていることに注意
hamgen_H 1 -0.5 0.0
dla_alg
格子+逆温度を設定
D=1次元, L=2, 逆温度beta=10.0
lattgene 1 2 10.0
モンテカルロサンプル数などが書かれた入力ファイルの雛形をコピーしてくる
cp /usr/share/dsqss/samples/manual_run/qmc.inp.org qmc.inp
計算を実行
dla qmc.inp
計算結果(エネルギー)を出力
出力されるエネルギーがサイトあたりのものであることに注意
grep ene sample.log.000
より詳しい情報は MateriApp LIVE! wiki の「DSQSSの情報」をご覧ください.
feramは強誘電体の高速分子動力学シミュレーターです. http://loto.sourceforge.net/feram/ がホームページです.
feram
コマンドにはパスが通っています.LXTerminalからferam foo123.feram
と実行できます.実行例(数十分のシミュレーションの後,ヒステリシスループを描きます.)
cp -a /usr/share/feram/example/27example-BaTiO3-new-param-E_wave .
cd 27example-BaTiO3-new-param-E_wave
feram 360cos.feram 360sin.feram
./hysteresis.gp
evince hysteresis.eps
サンプルの実行: 4x4正方格子S=1/2反強磁性Heisenberg模型をLOBCG法で解く
cp -rp /usr/share/hphi/samples/CG/Heisenberg .
cd Heisenberg
HPhi -s stan.in
より詳しい情報は、MateriApps HPhiページをご覧ください.
サンプルの実行: NaCl using the EIM potential
mkdir eim
cp /usr/share/lammps/examples/eim/* eim
cd eim
lammps -in in.eim
より詳しい情報は、MateriApps LAMMPSページをご覧ください.
サンプルの実行: 反強磁性 S=1/2 Heisenberg chain
cp -rp /usr/share/mvmc/samples/Standard/Spin/HeisenbergChain .
cd HeisenbergChain
vmc -s StdFace.def
より詳しい情報は、MateriApps mVMCページをご覧ください.
サンプルの実行: Sushiによるポリマーブレンドの界面の計算
インプットのコピーとSushiの実行
cp /usr/share/octa/tutorial/sushi/Input/interface_uin.udf . sushi -Iinterface_uin.udf
Gourmetによるグラフの描画
gourmet interface_uot.pdf
一番下のスライドバーを動かし、stepを1に変更する。SUSHIOutputフォルダを右クリックし、「Plot 1D field...」を選択。パラメータパネルが現れるので「OK」をクリックする
より詳しい情報は、MateriApps OCTAページをご覧ください.
実行例
実行用ディレクトリの作成とインプットのコピー
mkdir openmx
cp /usr/share/openmx/work/Methane.dat openmx
cd openmx
OpenMX の実行
openmx Methane.dat
結果の確認
http://www.openmx-square.org/openmx_man3.7/node16.html に掲載されている結果と比較
サンプルの実行:
cp -rp /usr/share/espresso/examples .
cd examples/PW/examples/example01
./run_example
より詳しい情報は、MateriApps Quantum ESPRESSOページをご覧ください.
サンプルの実行:
cp -rp /usr/share/respack/sample/xtapp/Al.fcc.6x6x6 .
cd Al.fcc.6x6x6
sh Al.sh
より詳しい情報は、MateriApps RESPACKページをご覧ください.
サンプルの実行:
cp -rp /usr/share/salmon/examples .
cd examples/exercise_01_C2H2_gs
salmon.cpu < C2H2_gs.inp
より詳しい情報は、MateriApps SALMONページをご覧ください.
実行例
以下の例では, アントラセン(C14H10)の Hatree-Fock 法(6-31G 基底)によるエネルギー計算と, その HOMO 及び LUMO の可視化を実行します. 可視化には, SMASH に付属するsmash-vtk-generator と, オープンソースソフトウェア ParaView を使用します.
実行用ディレクトリの作成とインプットのコピー
mkdir smash
cd smash
cp /usr/share/smash/example/anthracene.inp .
SMASHの実行
smash < anthracene.inp > anthracene.out
アウトプットファイル anthracene.out とチェックポイントファイル anthracene.chk が生成されます. 計算結果は, アウトプットはテキストファイルで開く事で確認できます. 内容は, 計算条件, 原子座標, 基底関数, SCF 繰り返し計算過程, 軌道エネルギー, 軌道係数です.
表示したい軌道の vtk ファイル(anthracene-HOMO.vtk と anthracene-LUMO.vtk)を作成
smash-vtk-generator anthracene.chk anthracene-HOMO.vtk MO HOMO
smash-vtk-generator anthracene.chk anthracene-LUMO.vtk MO LUMO
より詳しい情報は MateriApp LIVE! wiki の「SMASHの情報」をご覧ください.
サンプルの実行:
cp -rp /usr/share/tenes/sample .
cd sample/01_transverse_field_ising
python3 tutorial_example.py
python3 tutorial_read.py
より詳しい情報は、MateriApps TeNeSページをご覧ください.
実行例
サンプル実行用のディレクトリを作成
mkdir xtapp
サンプル用のシェルスクリプトをコピー
cp /usr/share/xtapp/check/* xtapp
cd xtapp
実行例1: シリコンの計算
si.shを実行し, シリコンの計算を行います.
sh si.sh
実行例2: αクオーツの計算
quartz.shを実行し, αクオーツの計算を行います.
sh quartz.sh
TAPIOCAの起動 TAPIOCAは, コマンドラインからtapiocaと入力するか, 左下のメニューから起動(MateriApps > Tapioca)します.
より詳しい情報は MateriApp LIVE! wiki の「xTAPP & TAPIOCAの情報」をご覧ください.